其制备方法主要有两种。
(1)在反应釜中投入甲醇和甲醇钠，再加入一定量的2-氨基-4,6-二氯嘧啶，搅拌，加热回流反应6h，取样分析合格后降温至室温，放料过滤得成品。

(2)以丙二腈为原料加入反应釜，再加入甲醇，冷却至0℃，通入干燥的氯化氢，该反应放热，温度逐渐上升至15℃，保持该温度，通入一定量氯化氢后再继续搅拌3～4h，冷却结晶过滤，得到1，3-二甲基丙二脒盐酸盐。该1，3-二甲基丙二脒盐酸盐加入到冷却到0℃的碳酸氢钠溶液中，调节pH=6，得到结晶盐酸盐，过滤，滤液中加入50％氰胺溶液，搅拌，并加热至室温，搅拌2h得到结晶为3-氨基-3-甲氧基-N-氰基-2-丙脒，过滤，水洗，干燥，溶于甲苯中。在另一反应锅装入甲苯并加热至回流，将上述丙脒甲苯液加入，并搅拌1h，过滤，浓缩，冷却，结晶得成品。

以上两种方法中，国内都用丙二酸二乙酯为原料，通过制备2-氨基-4,6-二氯嘧啶进行甲氧基化而制得成品。而国外用丙二腈法制备2-氨基-4,6-二甲氧基嘧啶，该方法得到的成品纯度高。