顺式-2，6-二甲基吗啉是抗肿瘤药物索尼吉布(Sonidegib)的重要中间体。现合成顺式-2，6-二甲基吗啉的方法是，用二异丙醇胺在浓硫酸存在下高温脱水环合，然后高真空分馏顺-反式异构体。